تاریخ ایجاد مرکز اسلامی ژاپن به سال 1996 برمی‌گردد اما آغاز فعالیت رسمی آن از سال 1975 بوده است.
این مرکز به‌طور قانونی به فعالیت در این کشور می‌پردازد و به‌عنوان یک سازمان مستقل، غیرتجاری و غیرسیاسی مسلمانان در ژاپن شناخته شده است. هزینه‌های این مرکز از طریق کمک‌های مردمی، حق عضویت و فروش آثار ادبی و اسلامی به دست می‌آید.
این مرکز کلاس‌های آموزشی مختلفی برای مسلمانان ژاپن برگزار می‌کند. برخی از این کلاس‌ها عبارت‌اند از:
• آموزش حفظ و روخوانی قرآن مجید.
• آموزش زبان عربی در سطوح ابتدایی، متوسط و پیشرفته.
• آموزش خوشنویسی اسلامی در سبک‌های ثلث، نسخ و رقاع.
• آموزش کاراته برای کودکان.
مرکز اسلامی ژاپن علاوه بر برگزاری کلاس‌های آموزشی اقدامات فرهنگی دیگری از قبیل اهدا و فروش کتب اسلامی و برگزاری گردش‌های دسته‌جمعی انجام می‌دهد. گردش دسته‌جمعی تابستان امسال مرکز، شامل بخش‌های مختلفی ازجمله سخنرانی‌ها، برنامه‌های ویژه کودکان شامل کلاس‌های آموزشی قرآن و اخلاق اسلامی و برگزاری مسابقات قرآنی، پیاده‌روی و برنامه‌های ورزشی برای خانواده‌ها بود.
