مناطق جنوب‌شرقی ایران که در قلمرو حوضه‌های آبی هیرمند و دریاچه هامون قرار دارند، در قیاس با دیگر نواحی کشور از میزان بارش کمتری برخوردارند. مناسبات هیدروپولیتیک افغانستان با ایران در این ناحیه در طول صد سال گذشته، توأم با تنش بوده است. در هر دوره، سهم حقابه ایران کاهش یافته و بارها نیز به دلایل مختلف قطع شده است که نتیجه آن نابودی زیست‌بوم دریاچه هامون، ویرانی اراضی کشاورزی و بنیادهای معیشتی، سکونتگاهی شهری و روستایی، مهاجرت، ناامنی و بزهکاری‌های اجتماعی نمود یافته است.مسأله حقابه رودخانه‌هیرمند که قسمتی از مرزهای خاوری ایران را با افغانستان تشکیل می‌دهد؛ دست‌کم از سال ۱۸۷۲ یکی از منابع پایدار مشاجره میان دو کشور بوده است. این مشکل تا سال ۱۳۸۳ ، ۱۲ بار باعث بروز بحران دیپلماتیک بین دو کشور شده و ۲۷ بار مذاکره دو‌جانبه، مستقیم و یا پذیرش حکمیت برای حل و فصل آن صورت پذیرفته است. در سالهای گذشته، طی گفتمان‌هایی که میان مقامات دو کشور صورت گرفته، دولت ایران خواستار اجرای دوباره قرارداد سال ۱۳۵۱ است که به درستی از سوی مقامات کشور افغانستان اجرا نمی‌شود و در عمل، دولت ایران حتی به حقوق نوشته شده در این معاهده نیز دست نمی‌یابد؛ در حالی که حجم آب پشت سد کجکی(سدی که روی رود‌هیرمند در افغانستان بسته شده)، حدود ۵/۱ تا۵/۲ میلیارد مترمکعب تخمین زده می‌شود. دولت افغانستان طی ۵۰ سال گذشته با یاری شرکت‌های آمریکایی، سدها و کانال‌هایی را بدون توجه به معاهده‌های میان دو طرف، روی رودخانه هیرمند و شاخه‌های آن احداث کرده است که حتی می‌توان گفت، زیست‌بوم منطقه سیستان را دگرگون کرده، به گونه‌ای که در ۵۰ سال گذشته ۵ تا ۶ خشکسالی شدید بر سیستان وارد شده که بر اثر آن دریاچه هامون خشکیده،محیط‌زیست و مراتع پیرامون آن با خطر جدی رو‌به‌رو شده است. اختلافات ایران و افغانستان بر سر حقوق مربوط به آب هیرمند نقش پر اهمیتی در روابط دو کشور داشته و مانع از همکاری آنها شده است؛ در حالی که یک فاجعه محیطی گسترش یابنده سرزمین و مردم سیستان را تهدید می‌کند. فاجعه جغرافیایی که در رابطه با دریاچه هامون در سیستان در حال تکوین است، تقریباً تکرار کامل، ولی آهسته‌تر، فاجعه‌ای است که هیدروپولیتیک شوروی پیشین در رابطه با دریاچه آرال به بار آورده است. در آن جا نیز انحراف آب رودهای سیحون و جیحون سبب نابودی تدریجی آرال شده و فاجعه محیطی بزرگی را شکل بخشیده است.نقش هیرمند برای منطقه سیستان ایران مانند نقش رود نیل برای مصر است و سیستان بدون هیرمند قادر به ادامه حیات نخواهد بود.
نوسانات آب هیرمند و هامون در دهه اخیر هر چند منشأ اقلیمی داشته، لیکن اعمال مدیریت ناسازگار با ساختارهای زیست‌محیطی از سوی افغانستان(عدم تأمین حقابه هیرمند و احداث سدهای متعدد) و ایران(بدون توجه به تداوم جریان همیشگی آب، اقدام به تأمین آب شرب زاهدان به طول ۲۰۰کیلومتر کرده است)، در تشدید این روند نقش‌آفرین بوده است. خشکسالی‌ها تبعات اقتصادی و اجتماعی نامطلوبی بر اکوسیستم سیستان تحمیل نموده؛ که تعدیل ۵۰ درصدی اراضی کشاورزی، حذف حدود ۱۵۰۰۰ فرصت شغلی مرتبط با فرآیندهای اقتصادی هامون، افزایش طوفان و تهدید سلامت ساکنین، مشاغل کاذب، هجوم شن‌ها و ماسه‌های روان در سطح منطقه، توسط بادهای ۱۲۰ روزه و در نتیجه پر شدن مسیر رودخانه هیرمند در نقاط مرزی ایران و افغانستان از شن و ماسه که به تغییر مسیر رودخانه و در آینده قطعاً موجب بروز مشکلات سیاسی بیشتری خواهد شد، از جمله محوری‌ترین تبعات و پیامدهای حل نشدن مسأله هیدروپلیتیک رودخانه هیرمند است. به این مهم می‌بایست ناامنی حاصل از افزایش سرقت و زورگیری، شرارت و راهزنی مسلحانه، آدم‌ربایی و حمل موادمخدر در قالب کاروان‌های مسلح و … را که صرفاً توسط عده معدودی انجام پذیرفته؛ لیکن تبعات ناحیه‌ای، منطقه‌ای و حتی بین‌المللی فراوانی به همراه دارد را اضافه نمود. به طوری که از سال ۱۳۸۸ با انسداد فیزیکی مرز، امکان حداقلی اشتغال و تأمین درآمد برای انبوهی از جوانان بیکار که از طریق فعل غیرقانونی حمل کالا و قاچاق سوخت امرار معاش می‌نمودند، محدود گردید. این در شرایطی است که هیچ گونه امکان اشتغال رسمی در سطح منطقه سیستان مهیا نبوده و محدود اقدامات دولت، کفایت خیل عظیم بیکاران را نمی‌نماید. چنین مسأله‌ای، ناحیه را آبستن ناامنی مضاعف از طریق افزایش روی‌آوری به فعالیت‌های مخل امنیت مانند دزدی، زورگیری، شرارت، آدم‌ربایی و … ساخته است.
با قطع و کاهش شدید آب هیرمند و خشک شدن دریاچه هامون، بیشتر مردم منطقه سیستان به ویژه روستانشینان شغل خود را از دست داده‌اند و ضریب بیکاری به شکل خطرناکی بالا رفته است. بیکاری مردم منطقه سیستان علاوه بر مشکلاتی که از بعد روانی داشته، تأثیرات ناخوشایندی بر خانواده‌هایی گذاشته که درآمد خود را از دست داده‌اند و مجبورند یکی از دو گزینه مهاجرت یا روی آوری به قاچاق و کارهای خلاف را انتخاب کنند. مهاجرت گسترده مردم سیستان به استان‌های شمال شرقی و کرانه‌های خاوری دریای خزر که در مقاطع تاریخی دیگر نیز سابقه داشته است، موجب مشکلات فراوانی، هم در سیستان و هم در آن نواحی گردیده است که به عنوان مقصد مهاجرت انتخاب شده‌اند. پرداخت مردم به فعالیت‌های منفی اقتصادی، مثل قاچاق کالا و موادمخدر، ضمن ایجاد مسایل و مشکلاتی که به اقتصاد ملی کشور واردمی‌کنند؛ سبب ناامنی در منطقه می‌شوند و این موضوع خود به خود مشکلات فراوان دیگری را به دنبال خود ایجاد می‌کند. متأسفانه شاهدیم که هم‌اکنون روزهای توفانی در حاشیه تالاب هامون افزایش یافته، از ۱۲۰ روز به بیش از ۱۵۰ روز رسید است. به طور کلی، نوسان آب و هوایی طی سالهای اخیر در منطقه سیستان توأم با توقف ورودی آب رودخانه هیرمند و خشکی دریاچه ۴۵۰۰۰۰ هکتاری هامون، اتفاقات اجتماعی، اقتصادی، سیاسی و زیست‌محیطی حادی را در این منطقه ایجاد نموده است.
در پی آن دشواری‌های زیادی را نیز برای ساکنین این منطقه فراهم کرده و این موضوع منجر به بروز پدیده گسترده مهاجرت، تغییر در اشتغال از کشاورزی و دامداری به فعالیت‌های کاذب منتقل شده که از تبعات آن می‌توان به عدم امنیت مرزی برای ساکنین را در تمام ابعاد نام برد.در شرایط فعلی مرزهای بین‌المللی میان ایران و افغانستان در میانه شاخه اصلی هیرمند مورد پذیرش دو کشور می‌باشد و لیکن اختلاف اساسی بر سر نحوه تقسیم آب هیرمند و دیگر حقوق مربوط به این رودخانه بین‌المللی هنوز حل و فصل نشده است. این وضعیت با گذشتبیش از ۱۲۹ سال و علی‌رغم انعقاد عهدنامه‌های متعدد همچنان پابرجاست. بررسی‌های تاریخی نشان می‌دهد دولت افغانستان به هیچ یک از تعهدات حقوقی حاکم بر هیرمند پایبند نبوده است و همواره با اتخاذ سیاست‌هایی به تشدید منازعات دامن زده است. قرار گرفتن سرچشمه و ۹۵ درصد مسیر رودخانه هیرمند در افغانستان، این کشور را نسبت به ایران در موضع بالادستی قرار داده و این کشور با استفاده از این مزیت، ایران را همواره به موضع انفعال کشانده، به طوری که خسارت‌های جبران‌ناپذیر مادی و غیرمادی و زیست‌محیطی به منطقه سیستان وارد شده است. نکته‌ای که در بیش از یک قرن گذشته حائز اهمیت می‌باشد این است که افغانها با گذشت زمان موضع سرسختانه‌تری نسبت به ایران در خصوص آب هیرمند اتخاذ کرده‌اند، و اگر روزگاری به تقسیم نصف نصف آب راضی می‌شدند با گذشت زمان این مقدار را به ۲۲ مترمکعب در ثانیه و حتی در برخی مواقع قطع کامل آب رسانده‌اند. حتی حاضر نیستند اجازه دهند سیلاب‌های بهاری به سمت هامون ایران جاری شود و ترجیح می‌دهند این سیلاب‌ها را بدون استفاده در چاله گودزره رها نمایند. در شرایط فعلی بحران منطقه‌ای آب در سیستان، علاوه بر اثرات زیست‌محیطی، امنیت‌ملی و منطقه‌ای را نیز مورد تهدید قرار داده است. شدت بحران بحدی است که چنانچه تدابیری برای آن اتخاذ نگردد در آینده‌ای نه چندان دور به فاجعه‌ای ملی و محیطی منجر خواهد شد.
