مناطق جنوبشرقی ایران که در قلمرو حوضههای آبی هیرمند و دریاچه هامون قرار دارند، در قیاس با دیگر نواحی کشور از میزان بارش کمتری برخوردارند. مناسبات هیدروپولیتیک افغانستان با ایران در این ناحیه در طول صد سال گذشته، توأم با تنش بوده است. در هر دوره، سهم حقابه ایران کاهش یافته و بارها نیز به دلایل مختلف قطع شده است که نتیجه آن نابودی زیستبوم دریاچه هامون، ویرانی اراضی کشاورزی و بنیادهای معیشتی، سکونتگاهی شهری و روستایی، مهاجرت، ناامنی و بزهکاریهای اجتماعی نمود یافته است.مسأله حقابه رودخانههیرمند که قسمتی از مرزهای خاوری ایران را با افغانستان تشکیل میدهد؛ دستکم از سال 1872 یکی از منابع پایدار مشاجره میان دو کشور بوده است. این مشکل تا سال 1383 ، 12 بار باعث بروز بحران دیپلماتیک بین دو کشور شده و 27 بار مذاکره دوجانبه، مستقیم و یا پذیرش حکمیت برای حل و فصل آن صورت پذیرفته است. در سالهای گذشته، طی گفتمانهایی که میان مقامات دو کشور صورت گرفته، دولت ایران خواستار اجرای دوباره قرارداد سال 1351 است که به درستی از سوی مقامات کشور افغانستان اجرا نمیشود و در عمل، دولت ایران حتی به حقوق نوشته شده در این معاهده نیز دست نمییابد؛ در حالی که حجم آب پشت سد کجکی(سدی که روی رودهیرمند در افغانستان بسته شده)، حدود 5/1 تا5/2 میلیارد مترمکعب تخمین زده میشود. دولت افغانستان طی 50 سال گذشته با یاری شرکتهای آمریکایی، سدها و کانالهایی را بدون توجه به معاهدههای میان دو طرف، روی رودخانه هیرمند و شاخههای آن احداث کرده است که حتی میتوان گفت، زیستبوم منطقه سیستان را دگرگون کرده، به گونهای که در 50 سال گذشته 5 تا 6 خشکسالی شدید بر سیستان وارد شده که بر اثر آن دریاچه هامون خشکیده،محیطزیست و مراتع پیرامون آن با خطر جدی روبهرو شده است. اختلافات ایران و افغانستان بر سر حقوق مربوط به آب هیرمند نقش پر اهمیتی در روابط دو کشور داشته و مانع از همکاری آنها شده است؛ در حالی که یک فاجعه محیطی گسترش یابنده سرزمین و مردم سیستان را تهدید میکند. فاجعه جغرافیایی که در رابطه با دریاچه هامون در سیستان در حال تکوین است، تقریباً تکرار کامل، ولی آهستهتر، فاجعهای است که هیدروپولیتیک شوروی پیشین در رابطه با دریاچه آرال به بار آورده است. در آن جا نیز انحراف آب رودهای سیحون و جیحون سبب نابودی تدریجی آرال شده و فاجعه محیطی بزرگی را شکل بخشیده است.نقش هیرمند برای منطقه سیستان ایران مانند نقش رود نیل برای مصر است و سیستان بدون هیرمند قادر به ادامه حیات نخواهد بود.
نوسانات آب هیرمند و هامون در دهه اخیر هر چند منشأ اقلیمی داشته، لیکن اعمال مدیریت ناسازگار با ساختارهای زیستمحیطی از سوی افغانستان(عدم تأمین حقابه هیرمند و احداث سدهای متعدد) و ایران(بدون توجه به تداوم جریان همیشگی آب، اقدام به تأمین آب شرب زاهدان به طول 200کیلومتر کرده است)، در تشدید این روند نقشآفرین بوده است. خشکسالیها تبعات اقتصادی و اجتماعی نامطلوبی بر اکوسیستم سیستان تحمیل نموده؛ که تعدیل 50 درصدی اراضی کشاورزی، حذف حدود 15000 فرصت شغلی مرتبط با فرآیندهای اقتصادی هامون، افزایش طوفان و تهدید سلامت ساکنین، مشاغل کاذب، هجوم شنها و ماسههای روان در سطح منطقه، توسط بادهای 120 روزه و در نتیجه پر شدن مسیر رودخانه هیرمند در نقاط مرزی ایران و افغانستان از شن و ماسه که به تغییر مسیر رودخانه و در آینده قطعاً موجب بروز مشکلات سیاسی بیشتری خواهد شد، از جمله محوریترین تبعات و پیامدهای حل نشدن مسأله هیدروپلیتیک رودخانه هیرمند است. به این مهم میبایست ناامنی حاصل از افزایش سرقت و زورگیری، شرارت و راهزنی مسلحانه، آدمربایی و حمل موادمخدر در قالب کاروانهای مسلح و … را که صرفاً توسط عده معدودی انجام پذیرفته؛ لیکن تبعات ناحیهای، منطقهای و حتی بینالمللی فراوانی به همراه دارد را اضافه نمود. به طوري كه از سال 1388 با انسداد فیزیکی مرز، امکان حداقلی اشتغال و تأمین درآمد برای انبوهی از جوانان بیکار که از طریق فعل غیرقانونی حمل کالا و قاچاق سوخت امرار معاش مینمودند، محدود گردید. این در شرایطی است که هیچ گونه امکان اشتغال رسمی در سطح منطقه سیستان مهیا نبوده و محدود اقدامات دولت، کفایت خیل عظیم بیکاران را نمینماید. چنین مسألهای، ناحیه را آبستن ناامنی مضاعف از طریق افزایش رویآوری به فعالیتهای مخل امنیت مانند دزدی، زورگیری، شرارت، آدمربایی و … ساخته است.
با قطع و کاهش شدید آب هیرمند و خشک شدن دریاچه هامون، بیشتر مردم منطقه سیستان به ویژه روستانشینان شغل خود را از دست دادهاند و ضریب بیکاری به شکل خطرناکی بالا رفته است. بیکاری مردم منطقه سیستان علاوه بر مشکلاتی که از بعد روانی داشته، تأثیرات ناخوشایندی بر خانوادههایی گذاشته که درآمد خود را از دست دادهاند و مجبورند یکی از دو گزینه مهاجرت یا روی آوری به قاچاق و کارهای خلاف را انتخاب کنند. مهاجرت گسترده مردم سیستان به استانهای شمال شرقی و کرانههای خاوری دریای خزر که در مقاطع تاریخی دیگر نیز سابقه داشته است، موجب مشکلات فراوانی، هم در سیستان و هم در آن نواحی گردیده است که به عنوان مقصد مهاجرت انتخاب شدهاند. پرداخت مردم به فعالیتهای منفی اقتصادی، مثل قاچاق کالا و موادمخدر، ضمن ایجاد مسایل و مشکلاتی که به اقتصاد ملی کشور واردمیکنند؛ سبب ناامنی در منطقه میشوند و این موضوع خود به خود مشکلات فراوان دیگری را به دنبال خود ایجاد میکند. متأسفانه شاهدیم که هماکنون روزهای توفانی در حاشیه تالاب هامون افزایش یافته، از 120 روز به بیش از 150 روز رسید است. به طور کلی، نوسان آب و هوایی طی سالهای اخیر در منطقه سیستان توأم با توقف ورودی آب رودخانه هیرمند و خشکی دریاچه 450000 هکتاری هامون، اتفاقات اجتماعی، اقتصادی، سیاسی و زیستمحیطی حادی را در این منطقه ایجاد نموده است.
در پی آن دشواریهای زیادی را نیز برای ساکنین این منطقه فراهم کرده و این موضوع منجر به بروز پدیده گسترده مهاجرت، تغییر در اشتغال از کشاورزی و دامداری به فعالیتهای کاذب منتقل شده که از تبعات آن میتوان به عدم امنیت مرزی برای ساکنین را در تمام ابعاد نام برد.در شرايط فعلي مرزهاي بينالمللي ميان ايران و افغانستان در ميانه شاخه اصلي هيرمند مورد پذيرش دو كشور ميباشد و ليكن اختلاف اساسي بر سر نحوه تقسيم آب هيرمند و ديگر حقوق مربوط به اين رودخانه بينالمللي هنوز حل و فصل نشده است. اين وضعيت با گذشتبیش از 129 سال و عليرغم انعقاد عهدنامههاي متعدد همچنان پابرجاست. بررسيهاي تاريخي نشان ميدهد دولت افغانستان به هيچ يك از تعهدات حقوقي حاكم بر هيرمند پايبند نبوده است و همواره با اتخاذ سياستهايي به تشديد منازعات دامن زده است. قرار گرفتن سرچشمه و 95 درصد مسیر رودخانه هیرمند در افغانستان، این کشور را نسبت به ایران در موضع بالادستی قرار داده و این کشور با استفاده از این مزیت، ایران را همواره به موضع انفعال کشانده، به طوری که خسارتهای جبرانناپذیر مادی و غیرمادی و زیستمحیطی به منطقه سیستان وارد شده است. نکتهای که در بیش از یک قرن گذشته حائز اهمیت میباشد این است که افغانها با گذشت زمان موضع سرسختانهتری نسبت به ایران در خصوص آب هیرمند اتخاذ کردهاند، و اگر روزگاری به تقسیم نصف نصف آب راضی میشدند با گذشت زمان این مقدار را به 22 مترمکعب در ثانیه و حتی در برخی مواقع قطع کامل آب رساندهاند. حتی حاضر نیستند اجازه دهند سیلابهای بهاری به سمت هامون ایران جاری شود و ترجیح میدهند این سیلابها را بدون استفاده در چاله گودزره رها نمایند. در شرايط فعلي بحران منطقهاي آب در سيستان، علاوه بر اثرات زيستمحيطي، امنيتملي و منطقهاي را نيز مورد تهديد قرار داده است. شدت بحران بحدي است كه چنانچه تدابيري براي آن اتخاذ نگردد در آيندهاي نه چندان دور به فاجعهاي ملي و محيطي منجر خواهد شد.