در سال 1963 جامعه مسلمانان استرالیا (AFIC) یک ساختار سازمانی برای آرمان‌های اسلام را در استرالیا به تصویب رساند. در سطح مقدماتی، مسلمانان محلی، جوامعی اسلامی را تشکیل دادند تا خدمات پایه‌ای‌شان از قبیل امکانات آموزشی و عباداتی مهیا شود. ساخت مساجد و ارائه آموزش‌های دینی به‌عنوان اهداف اصلی تعریف شدند.
در سطح ملی، شوراهای اسلامی هر منطقه و ایالت، فدراسیون مسلمانان استرالیا را به‌منظور ایجاد یک سازمان ملی برای مسلمانان استرالیا تشکیل دادند. دفتر مرکزی فدراسیون شوراهای اسلامی استرالیا در سیدنی واقع است و شعبه‌های دیگر آن در ملبورن می‌باشد. این مرکز بااهمیت‌ترین سازمان اسلامی در استرالیا است.
به‌عنوان یک سازمان دمکراتیک، AFIC جلسات شورای فدرال را با تمام ایالات و مناطق وابسته هر سه ماه یک‌بار برگزار می‌کند، همچنین یک کنگره سالانه با شرکت همه ایالات، شوراهای منطقه‌ای و جوامع برگزار می‌شود. کمیته مدیریت AFIC هر سه سال یک‌بار توسط کنگره سالانه انتخاب می‌شود.
مجله مسلمانان استرالیا از انتشارات این مرکز می‌باشد. این مجله به کار و فعالیت‌های مسلمانان استرالیا و اعضای آن می‌پردازد.
6 مدرسه وابسته به فدراسیون شوراهای اسلامی استرالیا هستند که عبارت‌اند از:
• مدرسه اسلامی ملک فهد
• کالج اسلامی لانگفورد
• مدرسه اسلامی کانبرا
• کالج اسلامی جنوب استرالیا
• کالج اسلامی ملبورن
• کالج اسلامی بریسبین
