اگر وضعیت اشتغال و رشد اقتصادی اندونزی در سطح مطلوبی نباشد، زمینه برای پیوستن جوانان مسلمان به گروههای افراطی فراهم می گردد.
کشوری چون اندونزی با دارا بودن بیش از 14000 جزیره با دارا بودن بیش از 240 میلیون جمعیت با اکثریت مسلمان می تواند مکانی برای نفوذ داعش و جریانهای افراطی بشمار آید، اما اقدامات پیش گیرانه دولت اندونزی و سیاست اعتدالی در ایجاد روح تسامح در میان مسلمانان می تواند آینده ای نه چندان مبهم را به نمایش گذارد. پیش از شروع جنگ افغانستان گروهی موسوم به جنبش دار الاسلام از سال 1949 تا 1962 به فعالیتهای جهادی در اندونزی می پرداخت. این گروه شبه نظامی به رهبری شخصی به نام سکارماجی ماریجان کارتوسویرجو در دوران استعمار هلند در اندونزی برای کسب استقلال کشور به مبارزه پرداختند.
پس از سیزده سال مبارزه این گروه شبه نظامی برای تشکیل دولت اسلامی در اندونزی بالاخره سوکارنو رئیس جمهور سابق اندونزی این گروه را منهدم نمود. در حال حاضر ابوبکر بشیر که رهبر معنوی جماعت اسلامی است نخستین بار در سال 1971 مدرسه شبانه روزی “المؤمن” را در مرکز جاوا یعنی پوندوک نگروکی با همکاری عبدالله سونکار راه اندازی نمود. المؤمن به عنوان مرکزی برای تربیت کادرهای عملیاتی گروههای شبه نظامی جماعت اسلامی تبدیل شد. با شکست ویتنام در سال 1975 و ظهور پدیده کمونیسم در منطقه، سوهارتو گروهای جهادی وابسته به جنبش دار الاسلام را دوباره سازماندهی کرد تا بتواند در مقابل خطر کمونیسم سدّ محکمی ایجاد نماید. جنبش آزادیبخش آچه The free Ache Movement که به اختصار GAM نامیده می شود به فرماندهی حسن دی تورو Hasan di Toro در راستای عملیات کماندو جهاد به صورت زیرزمینی تشکیل شد. این جنبش در سال 1976 با هدف تشکیل دولت اسلامی در ایالت آچه اندونزی و جدائی آن از دولت به صورت ایالتی مستقل شکل گرفت. از زمانی که در سال 2003 حکومت نظامی در ایالت آچه اعلام شد رهبران این جنبش به کشورهای اروپائی و از جمله دی تورو به سوئد پناه بردند و از آنجا فعالیتهای جنبش مذکور را هدایت می نمودند. با یک هجوم سراسری و قاطع بیش از 2000 نفر شورشی توسط نیروهای نظامی اندونزی کشته شدند. اگرچه حکومت نظامی در 19 ماه می 2004 در ایالت آچه لغو گردید، اما از آن زمان ایالت آچه همواره در حالت اضطراری قرار داشته است. اندونزی پیش و پس از جنگ افغانستان در دست قدرت جنرال سوهارتو قرار داشت.
در 25 مارس 2004 سازمان ضد فساد به نام سازمان شفافیت بین المللی Transparency International در یک گزارش اعلام نمود که سوهارتو در دوران قدرت خود از قدرت سیاسی سوء استفاده کرده و مانع پیشرفت اقتصادی و توسعه کشور اندونزی گردیده و با دریافت بودجه ای به مبلغ 15 تا 35 میلیاد دلار در دوران حکومتش بزرگترین آمار فساد را در میان رهبران جهان به خود اختصاص داده است. دایره فساد سوهارتو به اندازه ای بود که رهبران تندروی خلافت اسلامی دیگر نمی توانستند به اهداف خویش نائل گردند و یا حداقل پیشرفت محسوسی را داشته باشند. حزب التحریر اندونزی تندروی کمتری نسبت به گروه کماندو جهاد داشتند و هدف آنان ایجاد خلافت اسلامی بر اساس آموزه های دینی اعلام شده بود. حزب التحریر برای رهائی یافتن از فساد اداری نظام سوهارتو اقدام به سازش با جریانهای اصلی سیاسی و دینی اهل سنت نمود تا بتواند دامنه نفوذ خود را خارج از مفاسد اداری و دولتی گسترش دهد. ابوبکر بشیر و عبدالله سونگکار به اندازه حزب التحریر موفقیت کسب نکردند، زیرا بشیر و سونگکار نتوانستند در دوران سوهارتو جایگاهی قانونی برای تشکیلات المؤمن خود فراهم آورند. آنها در 10 نوامبر 1978 به اتهام خرابکاری دستگیر و به نه سال زندان محکوم شدند. دوران محکومیت آنان بر اساس یک دادخواست کاهش یافت و آنها در سال 1982 از زندان آزاد شدند. آن دو رهبر جهادی پس از آزادی به مالزی مهاجرت کردند و پس از سقوط دولت سوهارتو در سال 1998 به دنبال بحران اقتصادی جنوب شرق آسیا در سال 1997 به اندونزی بازگشتند.
به دنبال بروز بحران اقتصادی گروههای تندروی اسلامی بیشتری شکل گرفتند. چهل میلیون اندونزیائی شغل خود را از دست دادند و کشور که در مسیر بازسازی و تغییرات سیاسی به سمت جامعه باز بود نتوانست زمینه اشتغال را برای آنان فراهم سازد و گروههای جهادی از این فرصت مناسب استفاده کردند و تعداد زیادی از جوانان به سمت گروههای مذکور جذب شدند و یکی از مهمترین جریانهای افراطی به ابوبکر بشیر و عبدالله سونگکار تعلق داشت که در مدرسه شبانه روزی المؤمن در منطقه پوندوک نگروکی فعالیت خود را پس از آزادی از زندان آغاز کرده بودند و جوانان را به جهاد فرا می خواندند. بسیاری از تحلیل گران سیاسی اعتقاد داشتند که علت بروز جریانهای افراطی در اندونزی ناکارآمدی سیستم آموزشی بوده است، زیرا نظامهای آموزشی غربی عمدتا نمی توانستند نیازهای فکری و علمی مسلمانان منطقه را برآورده سازند و از طرف دیگر مدارس سنتی دینی نیز دارای تجارب مفیدی برای ارائه نظامی آموزشی مبتنی بر اعتدال اسلامی نبودند و نمونه های موفق چنین مدارسی از نظر تندرویان دینی در پاکستان و افغانستان تعریف می شد و نتیجه چنین نگرشی به مؤلفه های آموزشی نیز تربیت کادرهایی افراطی با گرایشهای القاعده بود. مسلمانان اندونزی یا می بایست فرزندان خود را به مدارس دینی همانند مدرسه ابوبکر بشیر می فرستادند و یا آنان را به مدارس و مراکز آموزش عالی کشورهای عربی چون قطر و سودان و عربستان و مصر و پاکستان می فرستادند و این مراکز نیز از نظر افراط گرائی کمتر از مدرسه ابوبکر بشیر عمل نمی نمودند.
سازمانهای وابسته به شرکتهای نفتی وهابیت نیز از این فرصت برای نفوذ در منطقه جنوب شرق آسیا و بویژه اندونزی استفاده کردند و بحران اقتصادی منطقه به نفع آنان تمام شد و در نتیجه این تلاشها صدها مدرسه و مرکز آموزشی زیر نظر مؤسسات وهابی و سلفی در منطقه شکل گرفتند و به تربیت و آموزش نوجوانان و جوانان مسلمان منطقه بر اساس آموزهای سلفی پرداختند. پروفسور عقیل سراج رئیس سازمان بزرگ نهضت العلماء در اندونزی اخیرا اعلام کرد که در مدارس وابسته به وهابیت نیروهای تروریستی تربیت می شوند و در یکی از حوزههای علمیه اندونزی که با حمایت یکی از کشورهای عربی فعالیت میکند، سه نفر تروریست تربیت شدند که عملیات بمب گذاری در سه مکان مهم اندونزی انجام دادند. در حال حاضر ۸۰۰ نفر از اتباع اندونزیایی به گروه تروریستی داعش پیوسته اند که ۳۰ نفر از آنان کشته شدند. شواهد موجود نشان می دهند که اعضای جماعت اسلامی در تشکلهای مختلف نظامی از نظر تعداد اندک، ولی تبلیغات رسانه ای و نمود سیاسی و عملیاتی آنها بسیار گسترده می باشند. اگر تمامی اعضای فعال در شبکه های نظامی افراط گرایان را با تعداد 58 میلیون عضو دو تشکل اسلامی به نامهای نهضت العلماء و محمدیه مقایسه کنیم، می بینیم که در هر حال این گروههای افراطی از نظر تعداد طرفدار جایگاه بسیار ضعیفی را در جامعه اسلامی اندونزی دارا می باشند. تعداد 31 درصد از جمعیت 188 میلیونی مسلمان اندونزی به این دو تشکل بزرگ اسلامی تعلق دارند که با اعمال خشونتهای تروریستی موافق نمی باشند.
اکثریت مطلق مسلمانان اندونزی نیز به هیچ یک از این دو سازمان اسلامی معتدل و دیگر گروههای افراطی دینی وابسته نمی باشند. اما باید توجه داشت که اگر وضعیت اشتغال و رشد اقتصادی اندونزی در سطح مطلوبی نباشد، زمینه برای پیوستن جوانان مسلمان به گروههای افراطی فراهم می گردد و تاریخ رکود اقتصادی جنوب شرق آسیا نیز به ما نشان داد که بیشتر تشکلهای افراطی اندونزی از همین ضعف اقتصادی برای سازماندهی اعضای خود بهره گرفته اند. با سقوط سوهارتو در سال 1998 افراط گرایان دینی بروز و ظهور بیشتری نسبت به قبل پیدا نمودند و بسیاری از تحلیل گران سیاسی مسلمانان اندونزی را که بزرگترین جمعیت اسلامی را تشکیل می دادند در معرض خطر جدی افراط گرائی ارزیابی نمودند. اندونزی علی رغم همکاریهای دولت مگاواتی در اندونزی برای مبارزه با تروریسم بین المللی بویژه افراط گرایان تحت نفوذ وهابیت علاقه چندانی برای قرار دادن جماعت اسلامی در فهرست گروههای تروریستی نشان نمی داد، زیرا استدلال دولت این بود که جماعت اسلامی از نظر لغوی به معنای گروه مسلمانان است و محکوم نمودن چنین تشکلی با چنان نامی قابل قبول نیست. اما پس از وقوع حملات بالی بود که دولت اندونزی اقدامات جدی تری را علیه جریانهای افراط گرای اسلامی اعمال نمود و تعدادی از رهبران جماعت اسلامی را به دست داشتن در حملات تروریستی بالی و هتل ماریوت متهم و آنان را دستگیر و روانه زندان نمود.